رسوب‌گذاری در رودخانه‌ها باعث افزایش تراز بستر و کاهش ظرفیت عبور جریان می‌شود. رودخانه‌ی سیستان به عنوان یک شاخه انحرافی از رودخانه هیرمند در دشت آبرفتی سیستان با شیب کم، مستعد ته‌نشینی رسوبات می‌باشد. سد انحرافی زهک به‌عنوان اولین سازه کنترلی در مسیر رودخانه سیستان در پایین‌دست دوشاخه رودخانه هیرمند واقع شده است. در پژوهش حاضر از مدل HEC- RAS با توانایی شبیه‌سازی هیدرولیکی و رسوبی رودخانه‌ها، به منظور کاهش رسوبگذاری رودخانه سیستان استفاده گردید. در این پژوهش شبیه‌سازی جریان با استفاده از داده‌های سال آبی 1398-1397 به صورت شبه-غیردائمی انجام شد. از بین معادلات موجود در مدل HEC-RAS معادله انتقال رسوب توفالتی به عنوان بهترین معادله برای رودخانه سیستان انتخاب گردید. در این تحقیق به منظور کاهش رسوبگذاری رودخانه سیستان مدلسازی با دو سناریوی بهره برداری موجود و بازشدگی دریچه‌ها با دستورالعمل بهره‌برداری انجام گردید. براساس نتایج تحقیق در سناریوی موجود در پایان سال آبی ترازهای بستر به میزان متوسط 58/0 متر افزایش یافته و 889456 متر مکعب به رسوبات بستر بازه بالادست سد زهک اضافه شده است در حالیکه در سناریوی بازشدگی دریچه‌ها، ترازهای بستر به میزان متوسط 25/0 متر کاهش یافته و 586003 مترمکعب از رسوبات بستر بازه بالادست سد زهک کاهش یافته است. بنابراین بهره‌برداری از دریچه‌های سد زهک براساس دستورالعمل می‌تواند نقش موثری در کاهش رسوب‌گذاری بازه بالادست سد زهک داشته باشد.